(一)晶体坐标变换
(1)晶体的分数坐标转化成直角坐标。
(2)晶体的直角坐标转化成分数坐标。
(3)生成向a,b,c三个方向堆积i,j,k个晶胞的全部分数坐标或直角坐标。
(4)生成按照给定对称性关系得出的所有相关原子的分数坐标或直角坐标。
(5)按照空间群的对称性由不等价原子推出一个晶胞内所有原子的坐标。
(6)查看空间群信息,包括国际空间群符号,Schonflies标记,晶系,Wyckoff位置以及所有对称性等价位置等。
(7)自动转换*.cif文件:从*.cif文件中读取选定结构,然后自动将其转换成包含一个完整晶胞的坐标文件。
(二)分子坐标变换
(1)按照指定对称操作任意平移、旋转、反映或反演当前的坐标。
(2)将一组坐标的中心平移到原点。
(3)判断分子的点群,并显示主要对称元素(如旋转轴的轴向矢量,对称面的法向矢量等等)。
(4)自动调整分子取向,包括:
1)自动将分子的主轴调整到x,y,z轴上。
2)自动将分子的自定义的某个轴调整到自定义的另外一个轴上。
(三)各种文件格式的转换
(1)可导入的直角坐标文件格式有:
GaussianJobFiles(*.gjf)
XYZCoordinate(*.xyz)
BrookhavenPDBFiles(*.pdb,*.ent)
CrystallographicInformationFiles(*.cif)
MDLMOLFiles(*.mol,*.sdf,*.sd,*.mdl)
InsightIICARFiles(*.car)|*.car
CambridgeCrystallographic(*.csd,*.fdat,*.dat)
QuantaFiles(*.msf)
SybylMOL2Files(*.mol2)
Cerius2Files(*.msi)
CatalystFiles(*.cpd)
CatalystQueryFiles(*.chm)
MDLSketch(*.skc)|*.skc
InsightIIGridFiles(*.grd)
DSViewerProFiles(*.msv)
(2)可导入的分数坐标文件格式有:
GaussianJobFiles(*.gjf)
CrystallographicInformationFiles(*.cif)
(3)可导出的直角坐标文件格式有:
GaussianJobFiles(*.gjf)
XYZCoordinate(*.xyz)
BrookhavenPDBFiles(*.pdb,*.ent)
MDLMOLFiles(*.mol,*.sdf,*.sd,*.mdl)
CatalystFiles(*.cpd)
CatalystQueryFiles(*.chm)
VRMLWorldFiles(*.wrl)
SmilesFiles(*.smi)
GIFFiles(*.gif)
JPEGFiles(*.jpg)
DSViewerProFiles(*.msv)
(4)可导出的分数坐标文件格式有:
GaussianJobFiles(*.gjf) 香港在线棋牌游戏
分子和晶体结构坐标编辑器(Cartes)使用技巧
1、只将部分方向上的坐标进行转换:
可以通过设置特定的晶胞参数值来实现。
例如:只让x直角坐标转化成分数坐标,y、z坐标仍保持直角坐标不变:
可以取a=a,b=1,c=1,alpha=90,beta=90,gamma=90
又如:只让A和B分数坐标转化成直角坐标,C坐标仍保持分数坐标不变:
可以取a=a,b=b,c=1,alpha=90,beta=90,gamma=gamma
其余情况同理设置。
2、生成按照给定对称性关系得出的所有相关原子的分数坐标或直角坐标。
如果既要演化出对称性相关的坐标,又要保持原有坐标不变(通常情况下确实如此),就应该将第一个对称性相关矩阵设为恒等阵,即:
%
1000
0100
0010
然后再接着输入给定对称操作对应的对称性相关矩阵即可。
3、按照指定需要任意平移、旋转、反映或反演当前的坐标:
只写相应操作的对称性相关矩阵即可,但最好用对直角坐标进行操作的方法(因为对分数坐标的操作会受到
晶体对称元素的限制),如反演原先晶胞,再沿y方向平移1.8埃就可以写为:
#
-1000
0-101.8
00-10
4、DOS下命令行方式
(1)在DOS下打开文件
命令行输入:cartes输入文件名
(2)查看本使用帮助文件:
命令行输入:cartes/?
关于分子和晶体这些想必大多数网友都不是很了解吧。因为这个词汇太专业了,那么化学专业的网友应该对这个很了解。分子和晶体结构坐标编辑器(Cartes)是对分子和晶体的结构进行编辑和操作的强大工具,它可以帮助人们解决在进行理论和计算化学研究时模型构造中所遇到的困难。接下来,详细的介绍一下。
(一)自动识别点群
象Chem3D这样专业的软件目前尚没有自动识别点群的功能,而GaussView的3.07以来的版本已经增加了此项功能,但是其准确程度令人担忧。似乎GaussView倾向于低估分子的对称性,例如它往往无法判断出高于6重轴的对称性,如碳管(7,7),GaussView给出的点群是C2h,而实际是D7d;又比如碳管(5,5),它认为其点群是C5,而实际是D5d。
可见自己动手写一个自动识别点群的程序是很具有挑战性的,于是我就写了这样的程序,现在正好把它集成到Cartes软件里来了。
(二)自动调整分子取向
自动将分子的主轴调整到x,y,z轴上。
自动将分子的自定义的某个轴调整到自定义的另外一个轴上。
(三)对称操作矩阵自动生成向导
在进行对称操作时,原先需要自行输入变换矩阵,这往往要求用户自己推求矩阵元,因而极为不方便。
现在我加入了对称操作矩阵自动生成向导,可以十分方便地按照对称变换自动生成变化矩阵。我想这是一个令人振奋的改进!
(四)通过空间群自动添加操作矩阵
严格按照各个空间群的对称性关系自动来添加对称操作矩阵,这应该是继对称操作矩阵自动生成向导之后又一个明显方便有效的改进。
(五)多种文件格式的兼容和互转
如果有可能的话,以后我还会兼容其他文件格式——比如Gaussian等量化软件的out文件等等。
(六)语言切换
有中文和英文两种语言的支持。
(七)OfficeXP界面
另外还采用了真彩色菜单的技术,进一步美化了界面。
(八)绿色软件
无需安装,直接运行,不产生垃圾文件,不对注册表进行操作。
关于对称操作的使用
当选择“对称操作”后,会弹出一个输入对称性操作矩阵的面板,对称性操作矩阵的格式和意义如下:
每一个对称性相关矩阵必须以%(表示该对称性相关矩阵对分数坐标进行操作,其平移量采用分数坐标的单位)或#(表示该
对称性相关矩阵对直角坐标进行操作,其平移量采用以埃为单位)开头,换行或空格后,就输入对称性相关矩阵,格式为:
p11p12p13t1
p21p22p23t2
p31p32p33t3
其中t1,t2,t3的单位由标识符‘%’和‘#’指明(含义见上),对于同一个输入文件‘%’和‘#’可以混合使用。
展开内容
8.1/567.5M
对于新手玩家玩蜀山战纪手游的时候可能有很多玩法不是很熟悉,通过蜀山战纪手游礼包助手不仅可以获取大量的游戏礼包,还有各种各样的游戏攻略,帮助玩家熟悉游戏快速发展。...
7.8/1,769.7M
屏幕录制工具(OhsoftoCamPre)主要包含屏幕录制、游戏录制和音频录制三大功能模块,常用且丰富的视频、音频导出格式发挥了其更高级的优势。屏幕录制工具(O...
7.7/966.7M
绝地枪战是一款动作射击手游,提供多种的英雄,玩家自由选择,采用5v5对战,5分钟快速战斗,有兴趣的玩家就来下载吧。英雄枪战FPS射击手游绝地枪战游戏官方介绍全新...
9.1/1,138.7M
排班日历解决了排班计算的烦恼。能够计算常见的5班3运,4班3运等。是安排工作生活的好帮手。使用说明:例如4班3运转就填写为:每天分为3班,共有4组人,在2014...
7.7/1,750.3M
软件导航是一款蓝奏云资源合集,里面为大家提供了众多软件库合集,大家在这里可以搜索应用以及游戏资源下载使用,各种类型资源都做了详细的分类,点击就可以下载,并且都是...
9.5/1,046.1M
复古警戒是二战题材的手机策略游戏,我们可以在其中享受到真正的游戏策略对决,有丰富的战略技术,真实还原了二战的战斗,尽在刺激,和战友协同作战称霸战场。复古警戒游戏...
9.6/1,703.6M
推荐游戏:【提瓦特:梦境方舟】同人游戏,PC/安卓双端互通。原版的粥出来了,这是一款粉丝自制游戏作品,大家喜欢的可以直接下载,也可以在B站关注原作者@北斗星皇,...
7.6/1,062.7M
孤舟求生最新正版免费下载分享,作为一款真正的岛屿生存新作,联机玩法是其核心所在,真实真人联机模式,制作各种工具,解锁各种场景,享受丰富道具带来的奇幻体验。真正的...
9.4/442.7M
《三角洲行动》(PARS-SwatDeltaForceOps)手游是一款以近未来为背景的战术竞技游戏。在这款游戏中,玩家将扮演精英特种部队成员,与其他玩家组队,...
9.5/1,864.4M
小牛智学是一款学习教育类手机软件,也是专注为学生打造的移动,高效,便捷的课程辅导服务平台,这里收集了全网最优质的学习内容资源库,方便了大家足不出户即可学知识,针...
7.5/1,787.7M
与小猫在一起是一款超级萌的休闲小游戏。游戏中你讲拥有一个可爱的猫耳萝莉,本来是一只可爱的小猫,然后第二天醒来,小猫变成了猫耳美少女。游戏有着养成的玩法,还有多样...
9.4/633.3M
百度云Down是一款适用于百度云下载识别的强大工具,它能够快速识别你提供的百度云资源,并可将其下载到电脑内,而且是采用的高速下载路线并且不限速,欢迎大家前来下载...
9.8/103.6M
菜都外卖app是一款专为寿光市本地打造的外卖服务平台,这里入住的商家多,餐品丰富,价格实惠,还有同城代跑腿服务,都是很方便的,有需要的朋友们不要错过了,快来下载...
7.9/988.9M
李广是西汉时期的名将,这里给大家带来的就是李广射虎这篇课文教学课件,课件共有20页制作比较精美对课文中的重难点讲解比较详细,是一篇深受老师们喜欢的教学课件,有兴...
查看
7.9/1,717.9M
视高全高清视频会议系统是一款视频会议软件,功能强大,有效的帮助用户提升沟通效率,节约成本。需要的网友可以来东坡下载站下载!视高全高清视频会议系统介绍视高全高清视...
9.3/1,954.5M
米V米种子神器是雷锋种子神器的加强版,软件不仅功能强大、便捷实用,而且内置强大BT搜索引擎,可以帮助用户快速搜索到想要的任何资源,有需要的赶紧来下载使用吧。米V...
8.3/967.0M
王牌战士是腾讯打造的一款枪战手游,主机级的游戏画面,超级精美的人物造型,酷炫的射击技能特效,多种游戏模式,多人在线随机匹配,约上好友一起开黑。王牌战士攻略随时随...
查看
7.9/1,575.4M
网易up软件是由网易全新推出的一款游戏社区软件,软件为玩家带来大量的游戏,玩家可以在这里选择感兴趣的游戏试玩,也可以去和玩友一起讨论游戏、评论和评测游戏等。软件...
8.1/844.8M
超火爆的崩坏3系列活动版本,这个版本可以直接参加最新的赛季,全新的版本系统可以体验,可以与其他人进行轻松互动,崩坏3赛季版玩法是多样化的,各种活动快速了解,玩崩...
8.3/1,879.8M
《套圈盘老板》是一款休闲模拟类小游戏,游戏中玩家需要.扮演一名前来套圈的顾客,用游戏钞票向摆摊老板换取对应数量的套圈,即可参与游戏,游戏结束后可以拿走套中的物品...
8.5/1,095.1M
记账可以用,记录心情以及生活日记的时候也可以用,免费便捷灵活的笔记工具,在这里可以插入图片或者照片让内容更加丰富,可以通过套索工具进行自由排版,提升阅读体验。手...
9.0/967.5M
郑爽手机主题,一款能够让你瞬间秒杀一切主题的青春郑爽风格的主题软件,郑爽一出马立刻让所有的壁纸都逊色了,喜欢郑爽的粉丝们赶紧行动去来吧!郑爽手机主题功能介绍郑爽...
9.9/157.5M
科幻电影游戏专用酷炫文字广泛存在各大科幻电影海报中,本节内容小编为大家整理带来的这份文字psd素材字体刚健有力,棱角分明,隐隐闪着蓝光,如果你需要一份文字psd...